Williams Adoption ist fast vier Jahre her, doch noch immer quält Scully der Verlust ihres Sohnes schwer. Da werden sie und Mulder – sie arbeiten inzwischen in einer geheimen Einheit wieder an den X-Akten – zu einem Fall aufs Land gerufen: Ein Obdachloser ist unter seltsamen Umständen ums Leben gekommen. Rätselhafte Dinge geschehen rings um eine Farm, auf der ein kleiner Junge mit seinen Eltern lebt. Der Junge faßt rasch Zutrauen zu den Agenten und läßt sie beide an ihren eigenen Sohn denken...

Das Alter ego, das Mulder durch Eddie van Blundht gezeigt wird, stürzt den Agenten in eine schwere Identitätskrise. Welche Weichen haben sein Leben auf die Schienen gebracht, auf denen es jetzt läuft? Was wäre gewesen, wenn...? Oder wenn eben gerade nicht? Und was, wenn das nicht nur ein Gedankenspiel wäre...?

In einer kleinen Provinzstadt sind innerhalb von nur vier Wochen sechs Menschen verschwunden. Mulder wittert Entführungen durch Außerirdische, doch Scully fragt sich, warum so viele Fäden bei einer von manchen Einwohnern als "Hexe" titulierten Malerin zusammenzulaufen scheinen. Die beiden Agenten kommen bei ihren Nachforschungen einer ganz neuen Art von virtueller Realität auf die Spur und geraten selbst in große Gefahr...

Mulder glaubt, etwas über den Verbleib seiner Schwester erfahren zu können und läßt sich auf ein Treffen mit einem Unbekannten ein. Der Unbekannte spielt jedoch falsch, und plötzlich kann Mulder seinen eigenen Erinnerungen nicht mehr trauen... Auch die Zusammenarbeit mit Scully und die Freundschaft der beiden geraten dadurch in eine Zerreißprobe. Doch Scully läßt ihren Partner nicht im Stich: Resolut macht sich die Agentin nun ihrerseits auf die Suche nach der Wahrheit.